Сан-Томе́ (порт. São Tomé) — столица и крупнейший город государства Сан-Томе и Принсипи. Назван в честь апостола Фомы (São Tomé). Сан-Томе является столицей государства Сан-Томе и Принсипи, столицей провинции Сан-Томе и центром округа Агуа-Гранде.
Одной из главных проблем здравоохранения Сан-Томе и Принсипи является малярия. До недавнего времени масштабы заболеваемости малярией были огромны, однако в последние годы, благодаря технологической и материальной помощи Тайваня и Глобального фонда борьбы со СПИДом, туберкулёзом и малярией, число больных сократилось на 60 %.
Более зеленые и более нетронутые человеческим вмешательством, чем даже близлежащие Острова Зеленого Мыса, острова Сан-Томе и Принсипи также и более безопасны и более красивы, чем большинство стран африканского материка.